Une « nouvelle » variante découverte par l’IHU de Didier Raoult ? Histoire d’un fugitif › Geeky News

Quelle est donc cette nouvelle variante B.1.6.40.2, que l’Institut méditerranéen des infections (IHU) prétend avoir découverte et qui a réveillé certains scientifiques et sites d’information peu fiables depuis le début de la semaine ? « C’est un bruit de fond qui s’est malheureusement amplifié, alors que la situation est déjà suffisamment angoissante », déplore le généticien François Balloux, professeur et directeur de l’Institute of Genetics de l’University College London, spécialiste de l’évolution des pathogènes, interrogé par L. ‘Express.

L’annonce remonte, en effet, au 9 décembre. Ce jour-là, l’IHU, dirigé par Didier Raoult, a publié un message sur Twitter dans lequel il affirmait avoir détecté cette variante. [issu de prélèvements du 25 novembre, NDLR] et ayant déposé dans GISAID, une plateforme qui collecte des informations sur différentes variantes du Sars-CoV-2, le nom B.1.640.2. Les équipes de l’institut de Marseille n’hésitent pas à l’appeler la « variante IHU ». Le même jour, Philippe Colson, professeur de pharmacie et virologue à l’IHU, publie une demande, qu’il a supprimée depuis, de séparer la ligne B.1.640 en deux branches : B.1.640.1 et B.1.640 .2.

À l’époque, l’annonce faisait peu de bruit, à part quelques articles en français. En revanche, elle déclenche le scepticisme des spécialistes. Ces derniers révèlent notamment que cette découverte ne relève pas de la responsabilité de l’IHU. Comme on peut le voir sur le site Nextstrain -qui montre les données GISAID-, le variant B.1.6.40.2 a été découvert pour la première fois dans des échantillons analysés par le laboratoire Cerba, le 25 octobre à Paris, avant d’être envoyé au début de Novembre à GISAID… Un mois avant l’IHU. Et c’est une équipe anglaise dirigée par Thomas Peacock, virologue à l’Imperial Department of Infectious Diseases, qui a demandé au premier (7 décembre) de séparer la lignée B.1.640 en deux branches B.1.640.1 et B. 1.640.2. L’IHU n’est donc pas à l’origine de la découverte ni dans la nomenclature B.1.640.2.

Un article non vérifié mais utilisé par des sites non fiables

L’IHU publie toujours une étude précédente, qui n’a pas été examinée ni évaluée par des pairs, sur le site MedRxiv le 29 décembre, détaillant la découverte de la variante B.1.640.2. Dans le document, signé notamment par Didier Raoult et Philippe Colson, les chercheurs reconnaissent que la découverte de la variante et la désignation B.1.640.2 ne sont pas de leur faute, mais décident de conserver l’appellation « variante IHU ». Ce n’est pas la première fois que l’IHU est impliqué dans de tels actes, puisqu’il avait déjà attribué la découverte de la variante 20A.EU2 baptisée Marseille-4 en mai 2020, qui revenait pourtant à l’épidémiologiste Emma Hodcroft deux mois plus tôt. Et ils ne sont pas les seuls : l’hôpital Henri Mondor (AP-HP) lui avait également attribué une variante, à tort, en 2021. Quoi qu’il en soit, la publication de l’IHU fait mouche, puisqu’elle est diffusée à l’international par des sites d’information et des scientifiques peu fiables. .

« Une nouvelle ligne correspondant à la variante IHU a été créée le 12/07/2021 et a été nommée B.1.640.2, la ligne précédente a été renommée B.1.640.1. Il comprend plusieurs génomes, dont celui récupéré fin octobre 2021 en Ile-de-France et deux autres génomes obtenus à partir d’échantillons collectés fin novembre en Angleterre et au Pays de Galles.

Capture L’Express

«De nouvelles variantes et lignes sont annoncées chaque jour, mais cette annonce a augmenté en grande partie en raison d’articles publiés par des sites semi-médicaux thaïlandais. [dont thailandmedical.news, le 2 janvier NDLR], qui cite des sources prétendument officielles, mais totalement fabriquées, selon lesquelles plusieurs centaines de patients seraient contaminés en France », s’agace François Balloux. Cependant, la pré-étude de l’IHU ne rapporte que douze cas de B .1.640.2 dans notre pays. Si les chercheurs marseillais s’inquiètent de la présence de 46 mutations et 37 délétions – perte d’un fragment d’ARN – du variant, ils ne disent rien sur sa virulence, sinon, c’est qu’un adulte qui l’a contracté a développé des « symptômes légers ». « . Les chercheurs de l’IHU précisent également qu’il faudra attendre plus d’informations avant de se prononcer sur sa dangerosité.

« La nouvelle a pris de l’ampleur lorsqu’un analyste danois [Oliver Alexander, NDLR], a publié une série de tweets le 2 janvier dans lesquels il a décidé qu’il y avait un signal inquiétant concernant B1.640.2, la nouvelle s’est répandue et l’Organisation mondiale de la santé est intervenue le lendemain pour préciser qu’à ce stade, il n’y avait pas quelque chose à s’inquiéter. », se souvient la modéliste Florence Débarre, chercheuse CNRS à l’Institut d’écologie et des sciences de l’environnement de Paris, également interrogée par L’Express. Le 3 janvier également, Tom Peacock indique sur Twitter que B1.640.2 a été découvert avant Omicron – qui prévaut contre les autres variantes -, qui n’a été séquencé que 20 fois dans le monde contre 120.000 pour Omicron et qui, de plus, n’a pas été détecté. depuis décembre.

Mais le 4 janvier, l’épidémiologiste américain Eric Feigl-Ding, suivi de 700 000 abonnés sur Twitter, a publié une série de tweets citant l’analyste danois et suggérant que la « variante IHU » est à l’origine d’une épidémie de cas dans le sud. de France et « concurrencerait clairement Omicron ». De quoi agacer Tulio de Oliveira, le directeur du Center for Epidemic Response and Innovation en Afrique du Sud qui a découvert la variante Omicron. « Pas de panique s’il vous plait […] Les lignées B.1.640.1 et 2 n’ont été séquencées que 400 fois contre plus de 120 000 fois pour Omicron. Les lignes B.1.640.X n’ont jamais remplacé Delta nulle part, vérifiez vos informations ! « , Il dit. Habitué aux tweets dangereux et alarmistes, Eric Feigl-Ding a fini par supprimer un de ses messages.

Si cette variante alimentait réellement une vague de cas en provenance du sud de la France, on la verrait dans davantage d’échantillons en France et dans d’autres pays, comme le Danemark ou le Royaume-Uni, où les capacités de séquençage sont particulièrement importantes, mais l’écrasante majorité est détectée. . Omicron et Delta, précise François Balloux. « La variante B.1.640.2 pourrait représenter jusqu’à 5% des cas en région Provence-Alpes-Côte d’Azur en décembre, avant de redescendre, ajoute Florence Débarre, qui a analysé les dernières données françaises de séquençage génétique. nuit du jeudi 6 au vendredi 7 janvier. La variante Omicron et B.1.640.2 n’ont pas la position L452R, mais B.1.640.2 n’a pas la position E484K, contrairement à Omicron, par élimination j’ai obtenu la courbe vert foncé [celle du bas sur le graphique ci-dessous, NDLR] correspondant à la présence de B.1.640.2 dans les échantillons français ». Le dernier dépôt d’un échantillon contenant cette variante date du 26 décembre, a-t-il ajouté.

Des centaines de variantes, quelques « variantes inquiétantes »

Comme le rappelle François Balloux, de nouvelles lignées et variantes de Sars-CoV-2 sont découvertes presque chaque jour dans le monde. En effet, le coronavirus mute très fréquemment lors de sa réplication. Mais tous les changements ne sont pas nécessairement bons ou mauvais. C’est leur association les uns avec les autres qui peut donner au virus un avantage – ou un inconvénient -. Par conséquent, toutes les variantes ne sont ni inquiétantes ni intéressantes. « Trois critères sont observés : transmissibilité plus élevée, virulence plus élevée – le variant entraîne plus d’hospitalisations – ou capacité à échapper à l’immunité – le variant peut plus facilement réinfecter les hôtes -, précise François Balloux. Après avoir évalué l’importance de chaque critère, les scientifiques classent les variantes dans l’une des trois catégories : hautement problématiques – aucune encore découverte -, préoccupantes (COV) – telles que Alpha, Beta, Delta, Gamma et Omicron – et celles qui sont considérées potentiellement problématiques et qui doivent être surveillées.

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La « variante IHU » ne présente aucune caractéristique lui permettant de rentrer dans la catégorie des COV, souligne Florence Débarre. « En revanche, la ligne B.1.640 est bien surveillée, elle a été mentionnée dans un bulletin de santé publique français », ajoute le chercheur. « Même si les mutations de ce variant sont assez atypiques, cela ne suffit pas à en faire un motif d’inquiétude », confirme François Balloux. À ce jour, environ 7 millions de génomes Sars-CoV-2 ont été séquencés génétiquement. Les experts pensent que toutes les mutations individuelles ont été observées, mais pas toutes les combinaisons possibles. « Le Sars-CoV-2 n’a probablement pas encore exploré tout son potentiel adaptatif et pourrait encore développer des combinaisons qui changeraient la dynamique de l’épidémie, mais cela reste très difficile à prévoir », prévient le généticien qui espère, dans le futur, l’apparition d’autres variants dont les mutations lui permettraient d’échapper à nos défenses immunitaires, comme l’Omicron.

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