Tout ce que les chercheurs savent vraiment sur la nouvelle variante de Covid-19 › Geeky News - 1

Jusqu’à présent, Delta a écrasé la concurrence. À quelques exceptions près, la variante Sars-Cov-2 s’est imposée dans la grande majorité des pays du monde. Mais son hégémonie pourrait prendre fin avec l’émergence d’Omicron (ou B.1.1.519), la nouvelle « variante inquiétante » qui fait l’objet de la communauté scientifique. Identifié pour la première fois le 24 novembre en Afrique du Sud et au Botswana, grâce à des échantillons datant du 9 novembre, il semble se propager très rapidement et a déjà remplacé Delta dans certaines parties de l’Afrique du Sud. Si cela se confirme dans les prochains jours, cela signifierait qu’Omicron est plus « efficace » que Delta, soit parce qu’il est plus contagieux, soit parce qu’il échappe mieux à l’immunité naturelle et/ou conférée par les vaccins, ou un mélange de ceux-ci. différents facteurs.

L’Omicron (B.1.1.529, en bleu) semble se propager très rapidement en Afrique du Sud, notamment dans la région du Gauteng. Sur la base des données préliminaires, qui sont basées sur des détections indirectes d’Omicron, il est donc encore incertain, il aurait presque pu remplacer Delta (rouge) en moins de 3 semaines.

Nextstrain / Gisaid

Comme Omicron a déjà été détecté dans une dizaine de pays, et certainement d’autres à venir, il ne faudra que quelques jours, voire quelques semaines, pour savoir s’il peut remplacer Delta. Mais en attendant, les données restent préliminaires et incomplètes, obligeant à la prudence. Cependant, les premières analyses nous permettent de formuler quelques hypothèses.

Cinquante mutations, une plus grande capacité de réinfection ?

Selon les chercheurs sud-africains à l’origine de leur découverte, Omicron présente une cinquantaine de mutations par rapport à la souche historique. Surtout, la combinaison de ces différentes mutations n’a jamais été observée jusqu’à présent. En résumé : l’Omicron est très différent des variantes plus connues, comme Beta, Delta ou Mu, ce qui fait craindre aux chercheurs qu’il soit plus contagieux, ou qu’il échappe mieux à la réponse immunitaire, voire qu’il provoque des formes plus sévères.

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32 de ces mutations affectent la protéine Spike (S), qui permet au coronavirus d’adhérer à nos cellules pour les infecter, ce qui est potentiellement problématique. Dans le cas du Sars-CoV-2, les scientifiques pensent que nos anticorps apprennent particulièrement bien à attaquer certaines zones de la protéine S. C’est pour cette raison que les vaccins, dont ceux de Pfizer et Moderna, induisent une réponse immunitaire dirigée contre la protéine S. Ainsi, si un variant a des mutations trop importantes dans la protéine S, les anticorps auront plus de mal à identifier la menace. Même s’ils auront encore besoin d’une dizaine de jours de recherche, les chercheurs craignent donc qu’Omicron n’échappe surtout à la surveillance de nos anticorps, qu’ils aient été générés par une infection virale ou grâce à un vaccin.

L'arbre phylogénétique Sars-CoV-2 montre les liens familiaux entre les différentes variantes de coronavirus (les points) pris au fil des mois.  Il permet de suivre l'évolution des variantes.  Le point rouge (au milieu à droite représente Omicron, qui semble très éloigné de toutes les variantes actuelles, Delta (vert), Alpha (bleu foncé) ou Mu (rose).

L’arbre phylogénétique Sars-CoV-2 montre les liens familiaux entre les différentes variantes de coronavirus (les points) pris au fil des mois. Il permet de suivre l’évolution des variantes. Le point rouge (au milieu à droite représente Omicron, qui semble très éloigné de toutes les variantes actuelles, Delta (vert), Alpha (bleu foncé) ou Mu (rose).

Nextstrain / Gisaid

De plus, la grande majorité de la population sud-africaine, durement touchée par les grandes vagues successives de Covid-19, a probablement déjà été infectée par le passé. Par conséquent, il a dû développer une immunité au moins partielle contre le virus. La progression récente d’Omicron renforcerait ainsi l’hypothèse d’une plus grande capacité de ce variant à pouvoir réinfecter des hôtes précédemment atteints. Dans une déclaration publiée le 28 novembre, l’Organisation mondiale de la santé (OMS) reconnaît qu’il existe « des preuves préliminaires (qui) suggèrent qu’Omicron peut augmenter le risque de réinfection chez les personnes qui ont déjà eu Covid-19 par rapport à d’autres variantes. « . Rappelons que les données, encore « limitées », ne nous permettent pas de le confirmer.

Transmissibilité plus élevée pour démontrer

Omicron présente également des mutations de la protéine S dans des domaines liés à la capacité du virus à adhérer aux cellules humaines et à les infecter. Certaines de ces mutations (D614G, N501Y et K417N) ont déjà été identifiées dans d’autres variantes, notamment Beta et Delta. On pense qu’ils rendent le virus plus infectieux et plus transmissible, augmentant sa capacité à se propager d’une personne à l’autre. À ce stade, l’OMS est plus réservée. « On ne sait pas encore si l’Omicron est plus transmissible que les autres variantes, dont Delta », écrivent ses spécialistes. Si l’organisation internationale reconnaît que le nombre de personnes analysées positivement a augmenté dans les régions d’Afrique du Sud touchées par cette variante, rappelons que cela n’est pas forcément lié à l’apparition d’Omicron.

Une position particulièrement prudente. Pourquoi ? Parce que la détection Omicron se fait indirectement pour le moment. En effet, ce variant présente une délétion, c’est-à-dire une perte d’un fragment d’ARN, du gène S. Cependant, les tests PCR les plus courants (Thermo Fisher TaqPath) reposent sur la détection de trois gènes cibles, dont S. Par conséquent, lorsqu’un test PCR est appliqué à un échantillon infecté par Omicron, seuls deux des trois marqueurs sont identifiés, indirectement permettant à Omicron d’être détecté. Il faudra donc effectuer un séquençage génétique approprié pour savoir si tous les tests PCR réalisés en Afrique du Sud sont bien d’Omicron ou non.

Il n’y a aucune certitude sur la gravité.

Les 18 autres mutations d’Omicron sont localisées dans diverses zones de son génome, dont l’une est liée à une potentielle plus grande capacité de réplication et de dissémination in vitro, ce qui pourrait induire des symptômes plus sévères. A ce stade de la connaissance, ce point reste le plus incertain. Si les taux d’hospitalisation augmentent en Afrique du Sud, « cela pourrait être dû à l’augmentation du nombre total de personnes infectées, plutôt qu’à une infection spécifique à l’Omicron », note l’OMS. Aucune information ne le permet. On pense actuellement que les symptômes associés à Omicron sont différents des autres variantes. De même, rien ne permet encore d’affirmer que cette variante est moins sévère que les autres.

Cependant, ces changements extrêmes à extrêmes ont quelque chose sur quoi attirer l’attention. « Il existe une incertitude considérable concernant la transmissibilité, l’efficacité du vaccin, le risque de réinfections et d’autres propriétés de la variante Omicron », a déclaré le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies dans un communiqué. Cependant, étant donné son potentiel d’évasion immunitaire et son avantage potentiel en termes de transmissibilité par rapport à Delta, nous pensons que la probabilité d’une nouvelle introduction et dissémination communautaire dans l’Union européenne est élevée. […], le niveau global de risque pour l’UE associé à la variante Omicron est évalué comme élevé à très élevé « . » Je suis assez inquiet », a déclaré le virologue Christian Drosten, l’un des meilleurs experts allemands sur le Covid-19. Personne ne peut dire pour le moment ce qui nous attend. Mais ce que l’on peut dire avec certitude, c’est qu’il vaut mieux se faire vacciner. Et encore mieux d’avoir un renfort ».

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Le fait est que si Omicron remplace vraiment Delta, étant donné ses grandes différences par rapport aux variantes actuelles et à la souche historique, il sera probablement nécessaire que les laboratoires cherchent à mettre à jour leurs vaccins. « Chers Pfizer, Moderna et autres fabricants de vaccins à ARNm : Ils nous ont convaincus (et nous convainquons les gens) que la technologie de l’ARNm peut s’adapter rapidement aux variantes. Pourriez-vous vraiment adapter ces vaccins pour qu’on arrête de vacciner contre un enfant de deux ans ? virus? », lance par exemple le virologue Bruno Canard, chercheur CNRS au Laboratoire d’architecture et fonction des macromolécules biologiques.

Victor Garcia

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