La résistance aux antibiotiques est l’une des plus grandes menaces pour la santé aujourd’hui. Aujourd’hui, des scientifiques de l’University College London et du Great Ormond Street Hospital ont trouvé un moyen d’établir quelles bactéries sont susceptibles de devenir résistantes aux antibiotiques à l’avenir, ce qui pourrait aider les médecins à sélectionner les meilleurs traitements contre les infections.

La tuberculose est une infection pulmonaire bactérienne qui aurait tué plus d’un milliard de personnes au cours des 200 dernières années et qui reste l’une des maladies les plus mortelles au monde. En fait, en 2020, il s’agissait de la deuxième cause de décès infectieuse après COVID-19, tuant 1,5 million de personnes.

Alors que la tuberculose peut être guérie avec les bons antibiotiques, le traitement peut prendre beaucoup de temps et de nombreuses personnes n’ont pas accès à de bons soins de santé. La tuberculose pharmacorésistante peut se développer lorsque les patients ne terminent pas leur traitement ou lorsque des médicaments efficaces ne sont pas disponibles.

La tuberculose résistante à plusieurs médicaments est un fardeau énorme pour les soins de santé et des souches totalement résistantes aux médicaments ont été détectées dans une poignée de pays. Alors que le monde lutte pour faire face à la pandémie, les progrès du traitement de la tuberculose ont ralenti.

Afin de développer une meilleure compréhension et, finalement, de meilleurs traitements pour la tuberculose, cette nouvelle recherche a identifié comment prévenir les mutations résistantes aux médicaments avant qu’elles ne surviennent. Les chercheurs ont appelé ce concept « pré-résistance » : lorsqu’un agent pathogène responsable d’une maladie a un plus grand risque inhérent de développer une résistance aux médicaments à l’avenir.

Pour découvrir quelles souches de bactéries tuberculeuses présentaient une pré-résistance aux antibiotiques, les chercheurs, en collaboration avec le Programme péruvien de lutte contre la tuberculose, ont séquencé les génomes de 3 135 échantillons de tuberculose prélevés dans la banlieue de Lima, au Pérou, sur une période de 17 ans.

Ils ont ensuite comparé ces échantillons pour créer un arbre généalogique de la tuberculose afin d’identifier les principaux changements dans les codes génétiques des bactéries qui ont développé une résistance aux médicaments. Ils ont décrit comment les variations du génome de la tuberculose prédisaient qu’une branche particulière de l’arbre généalogique deviendrait probablement résistante aux médicaments, puis ont validé leurs résultats dans un ensemble de données mondial indépendant sur la tuberculose.

« Nous manquons d’options en matière d’antibiotiques et les options que nous avons sont souvent toxiques – nous devons utiliser plus intelligemment ce que nous avons pour prévenir la résistance aux médicaments », a déclaré le Dr Louis Grandjean, auteur principal de l’étude. « C’est le premier exemple qui montre que nous pouvons devancer la résistance aux médicaments. Cela nous permettra à l’avenir d’utiliser le génome du pathogène pour sélectionner les meilleurs traitements. »

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