Près de 20 ans après l’annonce du decryptage de la más grande partie du génome humain, plusieurs équipes internationales ont annoncé avoir complété the cartography des 8% d’ADN que restaient encore unconnus. Cette percée fait la une cette semaine du prestigieux magazine scientifique américain Science. Jean-François Deleuze, the director of the Center national de recherche en génomique humaine, explains to L’Express why the failure of deux décennies pour réussir à “lire” la totalité de notre patrimoine génétique. Il détaille aussi les espoirs que soulève cette avancée.
L’Express : On April 14, 2003, scientists have announced that they have decrypted the human genome. Mais en réalité, cette première carte de nore patrimoine génétique n’était pas complète?
Jean-François Deleuze : At the time, he worked for the claims of chercheurs de six countries, with a budget of 3 billion dollars, granted cartographer permission plus 90% of our DNA. Les généticiens savaient qu’il y avait des “trous”, que sequence n’était pas tout à fait complète, rather than ces manques n’étaient pas accessible avec les sequençage techniques available at the moment-là.
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Cette petite part d’inconnu, dont on avait d’ailleurs du mal à apprécier la taille exacte, était trop compliquée à lire. More le consensus était que ces morceaux ne devaient pas être très fonctionnels, c’est-à-dire qu’ils ne devaient pas être porteurs de gènes associés à des maladies, qu’il s’agissait plutôt d’éléments de régulation. Et par ailleurs, il était clair que nous avions devant nous au moins deux décennies de travail pour commencer à comprehend ce qui venait déjà d’être décrypté.
What does the lecture de cette dernière partie de notre génome contribute?
Si on dit que l’adn c’est le livre de la vie, alors il manquait des pages. Ces pages supplémentaires qui viennent d’être ajoutées vont permettre de faire advance les connaissances scientifiques autour de deux grands axes. D’abord, une meilleure comréhension de la biology fondamentale et du fonctionnement des cellulares. The decrypted regions are found with extremities of chromosomes (telomeres), and in the center (centromere). They are, for example, three important for the good distribution of chromosomes in cells at the moment or they are separated by the belief of new cells. L’autre grand axe, well understood, is the one to search for explanations à de maladies pour lesquelles les mécanismes génétiques impliqués n’ont pas encore été découverts.
« Une meilleure compréhension de la variabilité de notre génome »
What technological evolutions ont permis ces avancées?
D’abord, l’émergence de ce que l’on appelle le “séquençage de longs fragments”. Dans les années 2000, pour lire l’ADN, nous devions le “casser” en milliers de petits morceaux, d’environ quelques centaines de paires de base (les couples de letters ATCG qui composent les gènes). Des évolutions au level de la préparation de l’ADN et de la façon de le lire dans les séquenceurs ont permits de passer à des morceaux de 100000 base pairs.
To understand the implications of these technological advances, learn the image of the puzzle of a child with a red balloon who surrendered to the beach. Certain pieces are easy to position – le visage de l’enfant, le ballon rouge, etc. Mais d’autres se ressemblent tellement, pour former le ciel, la mer, ou le sable, que si vous avez beaucoup de petites pièces, vous ne savez pas où les mettre. More if you have the same scene with 10 or 100 pieces, you will all faire the three-vite puzzle. In augmenting the taille des pieces, you diminish the complexité, il devient beaucoup plus facile d’agencer les pieces unes par rapport aux autres.
C’est exactly pareil avec l’ADN, car les zones que n’avaient pas été lues à l’époque étaient des zones très “répétées” (avec des enchaînements de letters très similaires, qui étaient donc difficiles à ranger correctly et à lire , NDLR).
Cet ajout de 8% du génome à nos connaissances va-t-il réellement permettre de comprehend beaucoup de maladies supplémentaires?
C’est trop tôt pour I will tell you. Nous allons avoir une lecture plus complète du génome, et donc une meilleure compréhension de sa variabilité. This is the analysis of the genetic variations between a three great names of individuals who allow us to understand the maladies: nous prenons 50000 people souffrant de telle or telle pathologie et 50000 subjects sains et nous compararons leur DNA. Les variations peuvent se translate de différentes façons – par des différences au niveau de chacune des letters (l’un aura un T à la place d’un C à un endroit), mais aussi au niveau de groupes de letters, par des trous ( un ensemble de lettres manquantes à un endroit), or by the name of copies of a même gene or of a group of letters. These are copies, these repeated zones, which are the most difficult to read avant l’advènement de la technologie “longs fragments”. Nous avons donc de nouveaux endroits à explorer pour trouver des mécanismes biologiques ou des genes à l’origine de maladies. Mais cette lecture ne sera pas aisée, car ces nouvelles pages ont une écriture un peu différente du reste du génome.
“La France n’est plus en pointe dans ces domaines”
Il reste donc encore beaucoup à faire…
D’abord, it will fail that cette nouvelle carte soit peu à peu précisée. Cette première cartographie vraiment complète will serve as a reference, like a carte avec des villes. Les génomes d’autres individus vont être séquencés de la même façon, et au fil du temps, ils viendront l’affiner. The next stage, it will be the analysis of multi-omics: the future will continue to regard what is happening at the level of epigenetics, chromatin, RNA, proteins, as on the fact of leaving pour le reste du génome. Oui, nous avons encore beaucoup de travail devant nous pour comprehend l’écriture du vivant.
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Quel rôle la France a-t-elle joué dans la lecture de la dernière partie de notre patrimoine génétique ?
Dans les années 1990, la France était très advancing in matière de génétique. Les premières cartes du génome ont été écrites chez nous. In 2001-2003, nous avons decrypté le chromosome 14. Mais cette fois-ci, no French team participated in this adventure. Il est sad to find that apres avoir été le leader, la France n’est plus en pointe dans ces domaines.
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Grand fan de mangas et d’animes, je n’aime bien écrire qu’à propos de ses sujets, c’est pour ca que j’écris pour 5 minutes d’actus. Au quotidien de décortique, donne mes avis sur les différents épisodes et chapitres des mangas que j’aime lire.
