Les causes du syndrome de fatigue chronique sont largement inconnues, alors que cette pathologie paralyse des dizaines de millions de personnes dans le monde. Récemment, deux groupes de chercheurs ont rapporté qu’une déplétion du microbiote intestinal serait associée à un syndrome de fatigue chronique ainsi qu’à une dérégulation de la production de molécules anti-inflammatoires. Cela peut servir de base à de nouvelles possibilités thérapeutiques et à la découverte de sources de maladies.
L’encéphalomyélite myalgique, mieux connue sous le nom de syndrome de fatigue chronique, est une maladie invalidante, en grande partie inexpliquée, caractérisée par une gamme de symptômes, notamment la fatigue, un malaise à l’effort, des troubles de la mémoire, des douleurs, un dysfonctionnement gastro-intestinal, des troubles immunitaires et des troubles du sommeil.
La prévalence du syndrome de fatigue chronique dans le monde varie de 0,4 % à 2,5 %. L’INSERM estime qu’entre 130 000 et 270 000 personnes sont concernées en France. La maladie apparaît principalement chez les adultes âgés de 20 à 40 ans et est plus fréquente chez les femmes que chez les hommes.
Malgré le diagnostic, les patients sont obligés de vivre avec la maladie, car il n’existe actuellement aucun remède. Cela est dû en grande partie au fait que la ou les causes sont inconnues. Cependant, de nombreuses anomalies biologiques majeures ont été identifiées chez les patients, notamment des troubles du métabolisme énergétique, un déséquilibre redox, une dérégulation des réponses immunitaires et de multiples troubles des systèmes nerveux central et autonome.
Récemment, deux études, l’une de l’université de Columbia et l’autre du laboratoire de Jackson, pointent vers la même origine, à savoir une perturbation du microbiote intestinal par rapport aux personnes en bonne santé, incluant moins de types de bactéries intestinales responsables de la production de molécules anti-inflammatoires. La compréhension de la biologie de la maladie permettra à terme de développer des moyens efficaces de son diagnostic, de son traitement et de sa prévention. Les deux études sont publiées dans la revue Cell Host & Microbe.
Microbiote réduit
Il faut savoir que le microbiote intestinal peut influencer la santé humaine et influencer la physiologie par la résistance aux agents pathogènes, le maintien de la barrière intestinale, le métabolisme, l’immunité et la signalisation neuronale. Plusieurs études antérieures ont tiré des conclusions sur son implication dans le syndrome de fatigue chronique, mais celles-ci ont été relativement petites et de résolution limitée.
Par exemple, dans la première étude de l’Université de Columbia présentée ici, Cheng Guo et ses collègues ont effectué des analyses métagénomiques et métabolomiques d’échantillons fécaux prélevés sur une cohorte géographiquement diversifiée de 106 cas et 91 témoins sains. Les résultats ont révélé des différences de diversité, d’abondance, de voies biologiques fonctionnelles et d’interactions entre les bactéries du microbiote intestinal. Les cas et les témoins ont été appariés en termes d’âge, de sexe, de localisation géographique et de statut socio-économique.
Synthèse des analyses réalisées et principaux résultats. © K. Guo et al., 2023
L’équipe a constaté une réduction des bactéries intestinales courantes et saines Faecalibacterium prausnitzii et Eubacterium rectal d’environ 35 % dans les cas de syndrome de fatigue chronique. Plus précisément, l’abondance de Faecalibacterium prausnitzii est inversement proportionnelle à la sévérité de la fatigue. La seule autre espèce chez laquelle une diminution de l’abondance relative a été constatée est Coprococcus secundu, un producteur d’acétate, qui peut contribuer à la carence globale de cet élément.
À l’inverse, neuf espèces bactériennes montrent une abondance relative accrue dans les cas de fatigue chronique, y compris celles qui ont été associées à la fatigue dans la sclérose en plaques dans d’autres études.
L’auteur principal de l’étude, Brent Williams, professeur adjoint d’épidémiologie CII à la Mailman School of Public Health de Columbia, a déclaré dans un communiqué: «Le microbiote intestinal est une communauté écologique complexe regorgeant d’interactions interspécifiques diverses qui peuvent être bénéfiques ou préjudiciables. Notre étude montre que chez les personnes atteintes du syndrome de fatigue chronique, il peut y avoir un réarrangement significatif des réseaux bactériens dans ce système.
Clarifier et établir clairement ces réseaux présents chez les personnes atteintes permettra de classer catégoriquement la maladie et de la diagnostiquer clairement sans remettre en cause la parole du patient.
Différences entre les patients
La deuxième étude, présentée par les professeurs Deria Unutmaz et Julia Oh et leurs collaborateurs du Jackson Lab, confirme avec précision les résultats de l’étude précédente sur les maladies à long terme et à court terme.
Plus précisément, l’équipe étudie les personnes atteintes du syndrome de fatigue chronique, divisées en deux groupes – celles diagnostiquées il y a moins de quatre ans ou plus de dix ans – et les personnes en bonne santé correspondantes. En plus des échantillons de sang et de selles, les chercheurs ont recueilli de nombreuses données cliniques et sur le mode de vie des participants et ont effectué une analyse approfondie et à haute résolution du microbiote intestinal.
Bref résumé de la technique expérimentale et des résultats de l’étude. © J. O et al., 2023
En général, les échantillons provenant de personnes atteintes du syndrome de fatigue chronique avaient des communautés microbiennes moins diversifiées, comme précédemment constaté, avec des déséquilibres de la flore intestinale similaires à ceux observés dans le vieillissement et les maladies inflammatoires chroniques.
Cependant, lorsque les chercheurs ont examiné séparément les groupes à court terme et à long terme, ils ont constaté que dans le groupe des maladies à court terme, le microbiote intestinal était le plus affecté. L’autre groupe (à long terme) est revenu à un état plus proche de celui des individus sains, montrant une plus grande diversité microbienne et la présence de quelques espèces mineures.
Cependant, le groupe de traitement à long terme présentait les symptômes les plus graves liés à la maladie, notamment la fibromyalgie et les troubles du sommeil, ainsi que des troubles métaboliques.
Mais cette étude développe ces analyses en s’intéressant spécifiquement aux interactions hôte-microbiote dans cette pathologie, ainsi qu’aux conséquences métaboliques potentielles.
Butyrate – un composant diagnostique clé ?
Ainsi, l’équipe a découvert que les personnes atteintes du syndrome de fatigue chronique n’avaient pratiquement aucun micro-organisme impliqué dans la production de tryptophane, de butyrate et d’acide propionique. Cependant, ces substances sont importantes pour la régulation des fonctions métaboliques et endocriniennes, y compris la modulation des réponses inflammatoires.
Les auteurs ont découvert que l’isobutyrate plasmatique est appauvri chez les personnes malades, et les données sur le microbiote prédisent également des niveaux de butyrate plus faibles et des changements dans la capacité du microbiote intestinal à métaboliser ou à synthétiser les acides gras en chaîne. Dans l’ensemble, cette voie implique des dizaines de métabolites plasmatiques.
C’est la conclusion partagée par la première étude. En effet, chez les deux bactéries les plus impliquées (Faecalibacterium prausnitzii et Eubacterium rectal), les chercheurs ont trouvé une capacité microbienne déficiente à synthétiser le butyrate, principal carburant des cellules du côlon, en plus d’une carence en acétate, qui est utilisé par certaines bactéries pour produire butyrate.
Pour faciliter le diagnostic, les auteurs de la deuxième étude expliquent qu’une faible déplétion microbienne est une caractéristique importante, ainsi que les taux sanguins de métabolites tels que la bétaïne.
J. Oh conclut dans le communiqué de presse : « De futures études incluant des maladies avec des signes et des symptômes qui se chevauchent, comme le COVID à long terme ou la fibromyalgie, pourraient améliorer cet outil de diagnostic potentiel et aider à identifier cette maladie souvent mal classée.
