Le Sars-CoV-2 nous joue-t-il un nouveau tour ? Depuis fin 2020, la même histoire se répète encore et encore : une option apparaît, supplante la précédente, et s’impose avant de se remplacer. Après la souche d’origine, Alpha, Delta, Omicron, puis BA2 et BA5 ont réintroduit d’importantes vagues d’infections. Mais ces dernières semaines, les scientifiques ont constaté une tendance sans précédent. « Peut-être que pour la première fois, nous assistons à un changement dans le paysage épidémiologique, avec de multiples sous-variantes d’Omicron apparaissant dans le monde en même temps, dont certaines vivent dans le même pays », a déclaré le professeur Antoine Flahaud, épidémiologiste et directeur. de l’Institut. Global Health à l’Université de Genève (Suisse).
BQ.1.1, BQ.1, BA.2.3.20, BA.2.75.2, BF.7, BJ.1, XBB… C’est toute une ménagerie virale dont on commence à parler. Comment expliquer cette abondance soudaine ? Par l’origine de ces sous-variantes, très probablement. Alpha, Delta, Beta ou encore le premier Omicron, très différents les uns des autres, sont apparus chez des personnes immunodéprimées. Faute de pouvoir débarrasser leur corps du virus, ils lui laisseraient le temps d’accumuler de nombreuses mutations, jusqu’à la création d’une nouvelle branche dans l’arbre généalogique du Sars-CoV-2. Tout est différent ici, puisque tous ces descendants appartiennent à la famille Omicron – la plupart sont issus de BA.2 ou BA.5. Cette fois, seule la très large diffusion du virus sera impliquée dans ces évolutions : « Plus il circule, plus il a d’opportunités de muter. Les modifications de son génome se produisent au hasard, mais certaines d’entre elles sont ensuite sélectionnées lorsqu’elles lui donnent un avantage », explique T. Ryan Gregory, professeur de biologie évolutive à l’Université de Guelph au Canada.
Dans une population déjà fortement infectée et/ou vaccinée, le plus important pour notre petit ennemi est de réussir à contourner les défenses que nous avons érigées contre lui. Voici comment on retrouve à répétition des mutations « d’évasion immunitaire » chez sa nouvelle descendance : « C’est toujours les mêmes quatre ou cinq, seuls ou en combinaison, selon les sous-variants », confirme Etienne Simon-Laurier, responsable de la génomique évolutive. Service des virus à ARN de l’Institut Pasteur. Les experts parlent de « convergence évolutive » : « Différents variants d’Omicron circulent dans une population qui a développé des anticorps similaires, entraînant la sélection des mêmes mutations insaisissables », explique le virologue Etienne Decroly, directeur de recherche au CNRS de l’université d’Aix. -Marseille.
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« Le virus a déjà pris de l’avance »
Cette « soupe » de sous-options, comme l’appellent les experts, constitue de toute façon une menace évidente. Un groupe de chercheurs chinois a évalué la capacité des sérums de personnes déjà infectées ou vaccinées à résister à leurs assauts, et les résultats ne sont guère encourageants. « L’immunité acquise par une population après une infection ou une revaccination peut ne pas être suffisante pour fournir une large protection contre les infections », écrivent-ils dans leur étude, disponible dans une pré-publication (non évaluée par des pairs). Ils montrent également que la plupart des anticorps monoclonaux, précieux dans le traitement des personnes infectées et risquant de développer une forme sévère, perdent partiellement ou totalement leur efficacité. « Dans la course entre le Sars-CoV-2 et notre système immunitaire, le virus a déjà repris son avance », résume le professeur Olivier Schwartz, chef du département virus et immunité à l’Institut Pasteur.
Reste à savoir si ces nouveaux venus continueront à circuler ensemble, ou si l’un d’eux finira par écraser les autres. « Je ne risquerai pas de parier. C’est comme demander le résultat d’une course à l’avance : la tâche est aussi difficile pour un coureur que pour un virologue », sourit Etienne Decroly. Avec de la chance, ces sous-options peuvent même disparaître comme les autres auparavant. Pourtant, à ce stade, ce scénario ne semble pas être privilégié par les scientifiques…
Pour le moment, ce nouveau bataillon virus n’est pas encore arrivé en France. Notre vague actuelle est portée par BA.5, qui continue de se propager parmi les personnes qui n’ont pas encore rencontré Omicron. « À cela s’ajoute une diminution de l’immunité au fil du temps, ce qui entraîne une augmentation des infections et des réinfections. Nous avons montré qu’après la troisième injection, les sujets vaccinés perdent leurs anticorps neutralisants contre BA.5 au bout de cinq mois », explique Olivier. Schwartz. Il semble que la situation soit similaire en Allemagne. « En revanche, on voit cette constellation de sous-options commencer à se multiplier aux Etats-Unis, en Grande-Bretagne ou au Danemark », note le professeur Antoine Flao. Cependant, le nombre absolu de virus séquencés est encore trop faible pour tirer des conclusions sur leur potentiel réel de propagation. « On en saura plus dans quelques semaines, précise Étienne Simon-Laurier.
Du côté positif, trois doses du vaccin continuent de protéger contre les formes graves, quel que soit le virus. Sauf, bien sûr, pour les personnes immunodéprimées ou très âgées, qui ont absolument besoin d’une nouvelle injection si la précédente a plus de six mois (ou trois mois pour les plus de 80 ans). Mais entre l’absence de gestes barrières, la saison hivernale, la baisse de l’immunité dans la population générale, et ces nouvelles sous-options, toutes les briques semblent se réunir pour rendre les prochains mois encore plus difficiles.
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Grand fan de mangas et d’animes, je n’aime bien écrire qu’à propos de ses sujets, c’est pour ca que j’écris pour 5 minutes d’actus. Au quotidien de décortique, donne mes avis sur les différents épisodes et chapitres des mangas que j’aime lire.
