L'Afrique du Sud est une variante « usine » ? › Nouvelles Geek - 1

Certains pays sont-ils plus susceptibles que d’autres de voir l’émergence de variantes à risque du Covid-19 au sein de leurs populations ? On pourrait être tenté de le croire en regardant l’histoire récente de l’Afrique du Sud. En l’espace de quelques mois, ce pays a vu apparaître deux nouvelles versions inquiétantes du Sars-CoV-2 : Beta et Omicron. Cependant, selon la communauté scientifique, il en faut davantage pour que l’Afrique du Sud soit considérée comme une variante « usine », même si certaines caractéristiques nationales sont préoccupantes.

Pour expliquer l’apparition d’Omicron et ses multiples mutations, le même argument revient souvent : la présence du VIH. Sept millions de personnes vivent avec ce virus en Afrique du Sud. Cela représente 12 % de la population ou 19 % des adultes âgés de 15 à 45 ans. De plus, le taux de personnes victimes de la traite semble relativement faible, atteignant 57% en 2017 (dernières données disponibles). « En fait, il existe un grand nombre de personnes potentiellement immunodéprimées en Afrique du Sud, précise Olivier Schwartz, directeur de l’Unité Virus et Immunité à l’Institut Pasteur. Cependant, nous savons que des variantes peuvent survenir chez ces personnes. » En effet, en temps normal, le virus se multiplie et disparaît de l’organisme en une semaine ou deux. Dans le cas d’une personne immunodéprimée, la contamination peut durer plusieurs mois. Ce fut le cas, par exemple, d’une femme sud-africaine de 36 ans séropositive qui a été testée positive au SRAS-CoV-2 pendant 216 jours.

« Chez les personnes immunodéprimées, la réponse anticorps peut être inefficace et donc le virus aura tendance à évoluer. Si des mutations apparaissent, elles peuvent être transmises à d’autres personnes », explique Olivier Schwartz. « Cependant, stigmatiser la population touchée par le VIH serait une erreur », a déclaré le scientifique. Car il y a plusieurs raisons qui peuvent expliquer l’apparition de systèmes immunitaires moins efficaces. Cela peut arriver en raison d’une pathologie. Par exemple, les traitements contre le cancer affaiblissent le système immunitaire. Naturellement, les gens peuvent également être plus sensibles à l’infection et donc conserver le virus plus longtemps. Par conséquent, il ne s’agit pas toujours du VIH.

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Une étude menée par des chercheurs allemands et publiée dans la revue Nature Communications rapporte le cas d’un homme de 58 ans atteint d’une maladie rénale qui a reçu un traitement avec des médicaments immunosuppresseurs. Ce patient était positif au Covid depuis plus de six mois. Pendant ce temps, des mutations étaient apparues dans le virus. La même chose s’était produite chez un patient américain qui souffrait auparavant d’un cancer. Son Covid avait duré 355 jours. Un record, avec des changements de clés sans précédent.

« Blâmer l’Afrique du Sud est injuste »

« Il suffit d’une personne immunodéprimée pour que des mutations apparaissent. Cela peut arriver dans n’importe quel pays. Certains comme l’Inde ont une proposition moins élevée pour les personnes séropositives que l’Afrique du Sud, mais ils ont produit des médicaments. Variantes de risque », précise Olivier Schwartz. « Les mutations observées pour Omicron sont sans aucun doute le résultat d’une évolution qui s’est produite au sein d’un seul organisme, avant de se propager à la population », explique Charity Dean, directrice de The Public Health Company, une société américaine de biotechnologie, dans le site Business Insider. Cependant, blâmer l’Afrique du Sud est injuste, dit le médecin. Car pour le moment personne n’est sûr qu’Omicron soit vraiment de ce pays. Nous devons remercier l’Afrique du Sud d’avoir fait preuve de transparence en transmettant tout ce qu’elle sait.  »

Cette égalité statistique contre les variants est confirmée par la base de données Gisaid : des mutations apparaissent partout, même en France (rappelez-vous la version bretonne du Sars-CoV-2, détectée au printemps dernier). N’oublions pas non plus que l’apparition de variants est également due à une forte circulation du virus dans la population générale. « Si un virus circule activement, statistiquement, une variante peut apparaître. L’immunosuppression joue un rôle, mais on ne sait pas quel est le poids relatif des deux phénomènes », confirme Olivier Schwartz.

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Si l’Afrique du Sud est actuellement à l’honneur, c’est aussi en raison de sa capacité de détection relativement forte, estiment plusieurs scientifiques. « Depuis longtemps, le pays a mis en place un système de surveillance des épidémies, comme le VIH, Ebola ou la tuberculose. Cette capacité de détection et d’alerte est aujourd’hui frustrante pour le pays qui doit subir la fermeture des frontières de certains de leurs partenaires commerciaux. Mais s’il y a une leçon à tirer, c’est qu’il faut poursuivre la vaccination », précise l’un d’eux. En Afrique du Sud, seul un quart de la population est vacciné. Cependant, les doses ne manquent pas. Selon un décompte récent, il y en a seize millions en stock.

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Anne Rosencher est la rédactrice en chef de L'Express.Anne Rosencher

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