Pendant des générations, nous avons traité les bactéries et autres micro-organismes avec lesquels nous partageons nos maisons d’une seule manière : les éliminer. En versant ou en pulvérisant quelque chose sur les surfaces de la maison, nous évitons les germes et restons en bonne santé. C’est une tactique que beaucoup d’entre nous ont renforcée pendant la pandémie pour tenir le virus du SRAS-CoV-2 à distance.
Mais il y a de plus en plus de preuves que nous devons adopter une approche totalement différente de ces microbes. S’il ne fait aucun doute que certains des micro-organismes qui vivent parmi nous sont nocifs (et personne ne suggère que le nettoyage n’est pas un bon moyen de garder le SRAS-CoV-2 hors de nos maisons), il est de plus en plus évident que beaucoup d’entre eux nous font vraiment du bien.
Le fait est que nous nous sommes involontairement mêlés aux microbes avec lesquels nous partageons nos salons, cuisines et espaces extérieurs, créant des environnements hostiles pour ces insectes bénéfiques. Cela signifie que bien que l’idée d’utiliser des probiotiques dans notre corps existe depuis un certain temps, nous pourrions bientôt donner à nos maisons et à nos villes le traitement probiotique également.
La recherche pour caractériser la soupe microbienne invisible dans laquelle nous vivons a pris son essor au cours de la dernière décennie. En mai 2021, les résultats d’un projet de recherche géant impliquant 900 scientifiques et volontaires prélevant des écouvillons des microbes vivant sur les distributeurs de billets, les rampes et les sièges des métros, bus et tramways dans 60 villes du monde ont été publiés. Cet audit de la vie microbienne urbaine a trouvé pas moins de 10 928 virus et 1 302 bactéries qui n’avaient pas été identifiés auparavant.
La recherche, dirigée par le professeur Christopher Mason de Weill Cornell Medicine, aux États-Unis, a montré que chaque ville a son propre mélange microbien. Ainsi, que vous habitiez à Londres, Hong Kong ou Paris, vous êtes exposé à un mélange différent de microbes.
Avant cela, le projet Wild Life of Our Homes, géré par l’Université d’État de Caroline du Nord, a montré que nous partageons chacun nos maisons avec 9 000 espèces de microbes. D’autres recherches ont identifié les microbes qui vivent dans tout, des réfectoires universitaires aux centres commerciaux.
Cette explosion de l’exploration microbienne a été alimentée par les progrès du séquençage rapide des gènes ainsi que par la puissance de calcul. Le décompte microbien de la ville mondiale a nécessité deux superordinateurs à Pittsburgh pour analyser les masses de données – huit billions de bases de gènes de microbes recueillies via des écouvillons.
« Dans le domaine de la microbiologie, nous faisons l’équivalent des explorateurs qui sortent et voient quelles plantes vivent sur différents continents », explique Noah Fierer, professeur de microbiologie à l’Université du Colorado Boulder, qui a participé à la Wild Life Of Our Projet de maisons.
« Nous commençons tout juste à comprendre à quels types de microbes nous sommes exposés quotidiennement. Ceux-ci peuvent se trouver dans nos aliments, dans l’air ou dans l’eau que nous buvons. Celles-ci pourraient simplement être sur les surfaces que vous touchez, puis vous vous rongez les ongles et mettez vos doigts sur vos lèvres et ainsi de suite. Mais il y a beaucoup de travail qui doit aller de ce à quoi vous êtes exposé, jusqu’à la façon dont cela affecte votre santé.
Le fait est que, même si nous sommes devenus très doués pour identifier les bactéries, les virus et les champignons qui nous rendent malades, ce que nous sommes moins doués, explique Fierer, c’est de déterminer lesquels nous font du bien, car ce n’est pas simple.
« Il se peut que si vous êtes exposé à des microbes particuliers à l’âge de deux ans, cela entraîne votre système immunitaire de sorte qu’à 40 ans, vous n’ayez pas d’allergies. C’est difficile à comprendre. Ou cela pourrait être dose-dépendant. Par exemple, si vous êtes exposé à certains d’entre eux, cela entraîne votre système immunitaire dans le bon sens, mais si vous en êtes trop exposé, cela pourrait être mauvais. Ou il pourrait s’agir de catégories individuelles ou de combinaisons de microbes.
Il existe cependant des preuves alléchantes que de nombreux microbes nous font discrètement beaucoup de bien. Alors que la recherche sur les effets bénéfiques pour la santé de microbes spécifiques en est encore à ses balbutiements, certaines espèces de bactéries ont été associées à des améliorations de notre santé physique et mentale.
Les villes sont des environnements divers pour les microbes. «Il y a des plantes, de la poussière, du béton, du bois, du verre, du plastique et différents types de bitume par rapport à la pierre», explique le professeur Jack Gilbert, écologiste microbien à l’Université de Californie à San Diego. Chacun d’eux représente un environnement différent, attirant différents microbes. « [The city is] également assez inhospitalier – le seul endroit où les microbes vont prospérer est là où il y a beaucoup de nutriments et d’humidité.
Les espèces de microbes qui vivent sur nos trottoirs et nos bancs de parc sont très différentes de celles auxquelles nous avons été exposés pendant la majeure partie de l’histoire de l’humanité, qui s’est déroulée dans les zones rurales. « Ce que nous avons vécu pendant la majeure partie de notre histoire évolutive – donc la plupart de notre temps sur cette planète – sont des microbes du sol et des microbes qui vivent à la surface des feuilles, des fruits et des animaux », explique Jacob Mills, doctorant à l’Université d’Adélaïde. , Australie.
Ce sont les microbes qui vivent dans le sol et sur les plantes qui sont les plus susceptibles de nous faire du bien, d’entraîner notre système immunitaire tout en nous aidant à digérer notre nourriture, à contrôler notre poids et à être en bonne santé mentale.
C’est une image similaire en ce qui concerne les microbes à l’intérieur d’un bâtiment – que ce soit nos maisons ou nos bureaux. « C’est essentiellement un environnement très froid et inhospitalier. C’est comme prendre une forêt tropicale et la jeter dans le désert du Sahara », explique Gilbert. « Il existe une sélection rapide de cellules microbiennes capables de survivre. Ceux-ci sont donc, si vous voulez, comme les mercenaires. Certains de ces survivants coriaces peuvent être nocifs – ils sont plus susceptibles d’être ceux qui peuvent causer des maladies et avoir une certaine résistance aux antibiotiques.
Le cocktail microbien exact que nous créons dans nos maisons est déterminé par un certain nombre de facteurs : si nous avons ou non un chat ou un chien, combien de pièces sont recouvertes de moquette, à quel point nous aimons que nos maisons soient chaudes et humides, etc.
Les produits de nettoyage que nous utilisons ont également une influence. «Ils modifient sans aucun doute l’exposition aux microbes, pas seulement aux bactéries, mais aussi aux champignons dans une certaine mesure et aux virus également», explique Fierer. « Clairement, si vous avez quelqu’un dans votre foyer avec une horrible maladie gastro-intestinale causée par un virus, vous voulez nettoyer l’enfer de la maison. Mais nous ne connaissons pas les effets du nettoyage de votre maison sur les expositions les plus bénéfiques.
Nos connaissances croissantes sur la façon dont nous avons transformé la soupe microbienne dans laquelle nous vivons, souvent d’une manière qui n’est pas pour le mieux, a conduit à un intérêt croissant pour l’utilisation de probiotiques pour nos maisons – encourageant les bons microbiens et éliminant les méchants .
Gilbert a étudié l’efficacité d’un spray probiotique que nous pourrions injecter sur des endroits comme les plans de travail de la cuisine ou les bureaux pour tuer les microbes nocifs. « L’idée principale est d’utiliser des souches du genre des bactéries Bacille qui sont inoffensifs pour les humains, mais produisent des produits chimiques qui tuent d’autres bactéries », explique Gilbert.
Son laboratoire en Californie développe également des surfaces imprimées en 3D qui sont poreuses et contiennent le bon mélange de nutriments pour encourager les bonnes bactéries à se développer. «Nous cherchons à créer des matériaux de surface plus écologiques pour tout, des tapis de yoga aux murs et aux sols», explique Gilbert. Bientôt, le décor ultime de la maison pourrait être un mur de microbes bénéfiques pour la santé dans votre salon.
Mais il reste encore du travail à faire pour trouver les bons nutriments et les bons niveaux d’humidité qui permettront aux bonnes bactéries de se développer tout en empêchant la moisissure ou les champignons de s’installer. « Nous sommes à la pointe de ce qui est techniquement faisable. Mais c’est un domaine de recherche intéressant, essayer de comprendre comment nous procédons sans provoquer une sorte d’évolution rapide et incontrôlable qui crée un superbactérie ou permet aux champignons de se développer partout et de tuer des gens », explique Gilbert. « C’est donc un équilibre fin et délicat. »
Pendant ce temps, Mills et d’autres chercheurs de l’Université d’Adélaïde étudient comment nous pourrions améliorer l’environnement microbien auquel nous sommes exposés dans les villes grâce au «réensauvagement du microbiome». L’idée est simple : ramener les plantes indigènes et la faune dans les villes et les micro-organismes qui sont bons pour nous suivront.
« J’espère que vous créeriez un espace plus sauvage dans la zone urbaine qui abriterait le type de microbes avec lesquels nous avons co-évolué », déclare Mills. En pratique, cela signifierait transformer des parties des parcs traditionnels de l’ère victorienne, avec leur herbe bien coupée et quelques espèces d’arbres sélectionnées, en zones arbustives et boisées avec une grande variété de plantes et d’animaux.
Mais le réensauvagement du microbiome de nos villes n’est pas sans risques. Après tout, la pandémie a mis au premier plan de nos esprits la capacité des mauvais microbes à franchir la barrière des espèces chez les humains. Donc, amener la faune, avec tout le bagage microbien qu’elle transporte, dans nos villes est risquée et il y a certains équilibres à considérer, dit Mills.
« L’idée est que la diversité microbienne va entraîner le système immunitaire et nous allons avoir moins de maladies non infectieuses, telles que l’asthme, les allergies, le diabète – toutes ces choses », explique Mills. «Mais cela va-t-il augmenter le risque de maladie infectieuse? C’est une question à laquelle il faudra des recherches pour répondre. Je suppose que les personnes ayant un système immunitaire plus fort seront en mesure de mieux gérer les maladies infectieuses. Mais c’est une corde raide très intéressante à marcher.
En savoir plus sur les microbiomes :
