« Dans les articles d’Omicron, nous voyons des signes de résolution de crise » › Geeky News

Cette cinquième vague de Covid sera-t-elle la dernière ? Prenant la précaution d’accompagner sa réponse d’un « peut-être », c’est ce qu’Olivier Véran, ministre de la Santé, a déclaré au Journal du Dimanche et à France inter ces derniers jours. Un retour en force de la « tranquillité », une volonté de redonner espoir à une population lasse de cette épidémie, ou une affirmation appuyée par des faits scientifiques ? La prochaine fin de la pandémie a déjà été tant de fois annoncée en deux ans… Pour tenter de savoir si Sars-Cov-2 pourrait encore nous jouer de nouveaux pièges, L’Express s’est tourné vers l’un des meilleurs connaisseurs du coronavirus en France, le virologue Bruno Canard, directeur de recherche du laboratoire architecture et fonction du laboratoire des macromolécules biologiques (Centre national de la recherche scientifique, Université d’Aix-Marseille). Éléments de réponse.

Vous attendiez-vous à voir émerger une variante aussi contagieuse qu’Omicron ?

Une équipe américaine avait montré, en développant la protéine Spike in vitro, qu’il était possible de multiplier par 600 sa capacité à se lier à nos cellules. Les premières variantes n’ont augmenté cette capacité que de 12 à 20 fois. Il y avait donc encore beaucoup de place pour avoir un « velcro » beaucoup plus fort entre le virus et les cellules.

Mais ce n’est pas simplement cette affinité pour nos cellules qui détermine le succès épidémique d’un variant. On le voit parfaitement avec Omicron : le virus en culture est moins infectieux et moins pathogène, et pourtant il se transmet beaucoup. En fait, cela est principalement dû à son tropisme pour les voies respiratoires supérieures. Sous l’effet de la respiration, des éternuements, il est beaucoup plus vaporisé et transmissible, mais pas plus infectieux. Par conséquent, de nombreux facteurs entrent en jeu.

Olivier Véran a dit que cette vague pourrait, peut-être, devenir la dernière. C’est quelque chose que nous avons beaucoup entendu au cours des deux dernières années – pouvons-nous le croire cette fois ?

Il y a des signes de résolution de crise dans les caractéristiques moléculaires de cette nouvelle variante. Je ne dis pas des signes d’absence des prochaines vagues, mais des signes d’évolutions qui ne sont pas défavorables à Homo Sapiens. Dans sa protéine Spike, Omicron porte une mutation spécifique à proximité d’un emplacement qui détermine comment il infecte les cellules et donc celles pour lesquelles il aura un tropisme. Dans notre jargon, on dit que « l’activation du clivage de la furine » est altérée : concrètement, cela signifie que la protéine Spike est moins activée et qu’elle ne permettra au virus de pénétrer dans les cellules que par un seul moyen, à travers un seul milieu. « porte », alors que jusqu’à présent le sras-cov-2 en avait deux. Ceci est tout à fait cohérent avec le fait que le virus n’infecte plus aussi facilement, voire n’infecte plus du tout, selon certaines publications, les voies respiratoires inférieures et est donc moins pathogène.

Il ne reste plus qu’à observer si cela entraîne également un changement dans le type d’infection du système neurologique : si les personnes infectées par Omicron ne perdent pas le goût et l’odorat, ou beaucoup moins, cela signifiera que cette variante a également perdu la capacité de son ancêtres pour infecter les cellules neuronales. Ce qui serait aussi une très bonne nouvelle, en parfait accord avec la mutation observée à proximité du site de clivage de la furine.

« Il y a toujours des nouvelles auxquelles on ne pense pas »

Ce virus a plus d’un tour dans son sac : sommes-nous à l’abri de nouvelles mutations qui pourraient le rendre encore plus dangereux ?

Il est risqué de faire des prédictions alors que les possibilités combinatoires du virus sont presque infinies. On peut imaginer une nouvelle évolution qui serait une sorte de régression, qui ferait acquérir à nouveau au virus une plus grande pathogénicité. Mais en faisant cela, Omicron modifierait à nouveau le tropisme, retournerait aux poumons et redeviendrait moins transmissible. Ainsi, du point de vue de l’évolution virale, il y a peu de chance qu’une telle mutation soit favorisée. Il se pourrait qu’un petit groupe apparaisse avec un « omicron plus sévère », mais logiquement cela devrait être assez facile à contrôler avec le suivi et l’isolement des cas et de leurs contacts.

Est-ce le seul type de mutation envisageable à ce stade ?

Non, il y a toujours des nouvelles auxquelles on ne pense pas. Par exemple, le virus pourrait devenir mutagène, c’est-à-dire qu’il pourrait acquérir la capacité de générer plus de mutations par lui-même, en ne corrigeant pas ses erreurs lors de sa phase de réplication. Ceci n’est qu’un exemple et il est donc difficile de dire que nous sommes maintenant à l’abri d’une autre vague. Le virus circule tellement qu’il trouve de nombreuses possibilités de recombinaison, de mutations qui pourraient relancer les infections. Mais quoi qu’il arrive, l’immunité conférée par Omicron sera toujours là, et elle devrait au moins partiellement nous protéger de nouvelles vagues de formes graves.

En même temps, on ne connaît pas vraiment la durée de l’immunité liée au Covid, et on a vu qu’un rappel était finalement nécessaire assez rapidement…

Les anticorps qui empêchent l’infection disparaissent assez rapidement, mais l’immunité cellulaire demeure. C’est une autre raison pour laquelle l’arrivée d’Omicron ne nous sera peut-être pas défavorable. Ce virus est tellement transmissible qu’il va infecter une grande partie de la population. Nous avons déjà eu un million de cas, soit 2,3% de la population, en une semaine. À ce rythme, cela signifie qu’en fait, il y a très peu de chance de s’échapper, d’autant plus qu’il peut également infecter les personnes qui ont été vaccinées. Par conséquent, un nombre impressionnant de personnes acquerront une immunité, et pour celles qui sont déjà vaccinées, Omicron agira comme un rappel. Nous ne serons plus dans la même situation qu’en janvier 2020, avec une population totalement naïve face au Sars-Cov-2.

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Cela signifie-t-il que nous verrions vraiment la fin de cette crise ?

C’est difficile à dire tant les possibilités d’évolution avec ce virus sont importantes, mais oui, on peut penser qu’on va dans le bon sens. En attendant, il va falloir vaincre cette vague qui risque de déstabiliser la société. Mais aussi pour gérer la vague du Delta, qui continue de circuler et d’envoyer des personnes en réanimation.

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